Проблема номер один, если Вы купили тему и хотите внести в нее изменения.

Варианты:

  • Использовать дочернюю тему. Подробнее
  • Использовать настройки темы
  • Создать свой плагин, в который добавить необходимый код

Статья в ближайшее время будет дополнена и расширена.