Если у Вас установлен плагин WordPress SEO by YOAST и Вам потребовалось удалить тег, добавьте это:

add_filter( 'wpseo_canonical', '__return_false' );

в Ваш functions.php. Можно использовать для каких-то отдельных страниц или для всего сайта в целом. Но без особой надобности — удалять этот тег не стоит.